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国際的な小咄 7107 PCRあるある

目次

5374 : 語り人 ◆MlbFIuQyJ6 : 2020/05/10(日) 15:56:54 ID:zGbUqDQc

7107 PCRあるある

4044: 尋常な名無しさん :2020/05/08(金) 23:24:28 ID:5QQKoBjE
pcrのバンドの画像を適当に
理想側








現実側

3番目は十分読める範囲です



































        ____
      /      \
     / ─    ─ \
   /   (●)  (●)  \   やばい
   |      (__人__)     |
    \    ` ⌒´    ,/
    /⌒ヽ   ー‐    ィヽ   すっごいわかりみ
   /      ,⊆ニ_ヽ、  |
  /    / r─--⊃、  |
  | ヽ,.イ   `二ニニうヽ. |


おしまい




※わからん


関連記事
106109 :日常の名無しさん:2020/05/12(火) 06:45:27 ID:-[ ]
PCR検査わからんけど推測してみると
各ラインごとの一番白いところの数値が必要なのだけど四番目の画像になると一番白いところが
ありすぎて読み取れないということでは?

例えていうのなら車のメーターで現在時速何キロ出てるか知りたいのに
一番目は時速50キロで針が固定されていて四番目は時速20キロから70キロを針がふれているようなものではないかと
106126 :日常の名無しさん:2020/05/12(火) 07:56:45 ID:-[ ]
クロマトグラフィーみたいなものなのかな
だとしたら職人技ってのも分かる気がする
106169 :日常の名無しさん:2020/05/12(火) 09:59:08 ID:-[ ]
これ、PCRというより、「PCRでできた産物を泳動して分離した物」な。

ゲルの端っこにPCR産物を置いて、もう端っこから電気で引っ張ってやると、産物のサイズ(や電気的特長)によってゲルの中の通過速度が変わって、その差がバンドとなって出てくるわけだ。
汚い側の原因は色々あるけど、産物の量盛りすぎ、ノイズ的産物多すぎ、ゲルがゆるい、などなど色々あるね。
106178 :日常の名無しさん:2020/05/12(火) 10:16:46 ID:-[ ]
こういった画像をコンピューターが判断して、
自動的に感染者を測定するということができない時点で、
検査検査と連呼するのはやめたほうがいいわな。
106197 :日常の名無しさん:2020/05/12(火) 11:19:49 ID:-[ ]
学生あるある
余りにも想定とかけ離れたデータは破棄!
都合の悪いデータはいらんのだ
いや実際コンタミとかで本当に破棄すべきデータもあるんだがW
106200 :日常の名無しさん:2020/05/12(火) 11:33:42 ID:-[ ]
クロマトグラフみたいな見た目してるけど何だこれ?物理や化学畑からすると生物系はマジでわからん
106207 :日常の名無しさん:2020/05/12(火) 11:50:30 ID:-[ ]
3番めは余裕で読めるが、4番目は無理だなー。サンプルにいろいろまじりすぎ。
106210 :日常の名無しさん:2020/05/12(火) 11:57:42 ID:ZJmJft5I[ 編集 ]
つーか検査くらいで高レベルな錬度が必要なものをよくもまあ検査装置でございとメーカーは売りつけられたものだな…
こんなん金取ったらいかんレベルなのでは?
106218 :日常の名無しさん:2020/05/12(火) 12:44:46 ID:-[ ]
現在の新型コロナの検査はReal time PCRがほとんどで電気泳動はしてないようだけどね。
そのReal time PCRもTaq Man probe法っていうコストはめちゃ高だけどPCRの中では特異性が高い方法でやられてるしPCRそのものの精度は比較的高いんじゃないかな?
まあだから検査を増やして大丈夫とかというのはまた別問題だけどね。
ちなみに慶応大学ではPCR検査のボランティアを学内で募集しているけど、PCRの精度確認のための実技試験をパスしないといけないらしく、落ちたら恥ずかしいとの理由で躊躇する先生もいる模様。
106226 :日常の名無しさん:2020/05/12(火) 13:04:47 ID:-[ ]
なるほど、これを目視でやってるってか・・・。
職人技な上に熟練の技、しかも人命がかかってるって、もうね。
少なくともこれに関して横から否定だのなんだの言えないよ、ほんと。
頭が下がる・・・。
106299 :名前::2020/05/12(火) 17:37:06 ID:-[ ]
4番目どころか3番目もなんか混じって根?
106319 :日常の名無しさん:2020/05/12(火) 19:31:22 ID:-[ ]
検体(被験者の鼻奥をぬぐった綿棒/唾液でもよいとの情報あり)を取る
新型コロナウイルス特有の遺伝情報部位を増幅させる試薬に漬けこんで
(もし含まれてるなら)特有の遺伝情報部位を増殖させる
寒天のようなゲル生地の一方の端(始点)に上記増殖溶液を仕込んで電荷をかける
細かい分子はすいすいとゲル生地の反対の端(終点)の方へ早く移動するが
大きい分子はゲル生地の抵抗でゆっくりとしか移動しない
結果各分子が始点からの距離の遠近で分散しそれぞれが別れることでシマシマ(バンド)ができる
見本の新型コロナ特有の遺伝情報部位のみの液で同じ時間かけて作った見本のバンドと
同じ距離にある検査結果のバンドがあれば陽性
ただし評価は目視でおこなう
106354 :日常の名無しさん:2020/05/12(火) 22:26:33 ID:-[ ]
草。学生時代腐るほど見たわこれ。

まぁこれはただのPCRからの電気泳動で
実際の医療現場はリアルタイムPCRでしょ?
ならグラフ表記でしょ。現場しらんから違うかもしれんけど

いや、リアルタイムPCRでも腐るほど、は?ってなる実験結果におぼえがあるけどwww
106356 :日常の名無しさん:2020/05/12(火) 22:32:03 ID:-[ ]
意外と理解してない人多いから解説しとこ

DNAをとりだす
→PCRにてめっちゃ増やす
→それを特定の酵素で、特定の配列だけぶった切る
→ターゲットが見事PCRによって増えていたら、特定の部分だけ綺麗にぶった切られて孤立する
→孤立したものはぶった切られた分、重さが軽いので、他とは切り離されてバンドとしてうつる
(ゲルに電気かけて移動させる。軽いと上に飛びやすい)
→結果、一番上の特定の位置でバンドが濃く見える

これが画像1な。染色とかは割愛したけど
きれいに特定の部分だけ酵素によってぶった切られて、ああ、この配列がたくさんサンプルにはあったんだなぁと理解できる(そしてその配列が例えばコロナウイルスだったりする)

逆に、画像4なんかはすべてのサンプルに特定の配列もあり、それ以外の配列もある。つまり様々なものが入り交ざってなにが特にたくさんあったか、なんてものが判断できない状態
サンプル自体にぐちゃぐちゃいろんなDNAがあったのか、酵素がちゃんと反応しなかったのか、理由は様々だろうけどこれじゃあ何も読み取れないのだ
106390 :日常の名無しさん:2020/05/13(水) 00:58:15 ID:-[ ]
懐かしい。授業で1度だけやったなあ(生態学専攻並感)
106399 :日常の名無しさん:2020/05/13(水) 01:08:57 ID:-[ ]
4番目ウエスタンブロットのタンパク質泳動で使うゲルみたいな形してるけどdnaなのかこれ
106411 :日常の名無しさん:2020/05/13(水) 02:42:30 ID:-[ ]
クロマトグラフィーはペーパーなら中学の実験でやったところもあるんじゃなかろうか(私は4人一組の班分けでやった
理屈としてはアレと同じでござい
DNAから切り取った遺伝子情報の一部(色々くっ付いたアミノ酸)を培地に漬けて電気流すとアラ不思議!めっちゃ増殖するやん!(PCRのキモ)
で、アミノ酸って一口に言っても性質も重さも全然違うよね?これなら分けることもできるよね?
の結果が「バンド」と呼んでいるなんかうねった太線でありますなー
あとは条件(培地の成分や機材)と時間(同じ物質なら同じ時間で出てくるはず)で、おめでとう!出てきたり出てこなかったりするぞ!
これで、なんとなくイメージしてもらえるだろうか…

…これ何が問題って、百発百中できるモンじゃないってトコだよね…
生物系、農学系でも遺伝子工学取らないとやらない技術だし、医学課程でも慣れるほどやらないのでは…?(畜産学部では理論と作業の体験だけやった
概要は教えるにしても、医者なら、生物学者なら簡単だろ?なんて話じゃありませんねえ
あと待つ。DNAを酵素やらで分解するのも、アミノ酸増殖させるのも、機材にinして二分でゴハン、なんて行くわけがない。
とりあえず検体ドーン!一万件よろしくね!されたら発狂するんじゃないかい俺は鬱こじらせて辞表書くね間違いない
106561 :日常の名無しさん:2020/05/13(水) 15:52:37 ID:-[ ]
※106399
本質的には全く同じだよやってること
サンプルの作り方が違うだけ
106613 :日常の名無しさん:2020/05/13(水) 21:26:58 ID:-[ ]
生物は大変だな・・・X線のアレとかめっちゃわかりやすいもん・・・
106943 :日常の名無しさん:2020/05/15(金) 08:24:08 ID:-[ ]
ベルトコンベア式のオートラインPCR機器仕入れて検査増やそう、言うてるひとがいるが
このくそ読みにくい帯が量産されてそれを目視比較することに変わりは無いって
わかってるのかしら?
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